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Der Hauptsitz der Carl Zeiss Microscopy GmbH befindet sich in Jena.

Hier sind die Geschäftsbereiche BioSciences und Industrial angesiedelt, die sich primär mit der Montage und Systemintegration befassen. Beispielsweise werden in der zentralen Vorausentwicklung in Jena Ideen für innovative Technologien und Prinzipien gesammelt und Machbarkeitsstudien für diese Anwendungen für die gesamte Carl Zeiss Microscopy GmbH durchgeführt. Dies ist die Vorstufe der Hauptentwicklung, die dann in unsere Produkte implementiert wird.

Der Geschäftsbereich BioSciences in Jena konzentriert sich auf Laser Scanning Mikroskope und Systeme. Diese kommen in allen Bereichen der biomedizinischen Forschung zum Einsatz. Wissenschaftler forschen mit ihrer Hilfe nach den Ursachen von Schlaganfall, BSE oder Alzheimer. Sie beobachten unter anderem auch die Zellproliferation und das Wachstum von Tumoren. Einen neuen Meilenstein setzte Carl Zeiss mit der hochauflösenden Mikroskopie, die im Vergleich zur Standardmikroskopie eine zehnmal höhere Auflösung liefert. Mit dieser Technologie können Forscher beispielsweise die Position von Molekülen im Nanometerbereich beobachten. Die Wissenschaft erhält dadurch neue Möglichkeiten, Zusammenhänge in Zellstrukturen zu erkennen und diese besser zu verstehen.

Der Geschäftsbereich Industrial wird in Jena durch das Geschäftsfeld Optical Sensor Systems repräsentiert. Das Geschäftsfeld bietet ein breites Produktprogramm, das von optischen Gittern für unterschiedlichste Anwendungen über Spektrometersysteme bis zur kompletten Messsystemlösung für die Prozesssteuerung, z. B. in der Solar- und Glasindustrie, reicht.

Die Carl Zeiss Microscopy GmbH unterhält auch am Standort München einen Produktions- und Entwicklungsstandort.

Der Geschäftsbereich BioSciences bedient in München die Bereiche Imaging Software und digitale Mikroskopkameras. Darüber hinaus werden hier systemnahe Software für alle Geschäftsbereiche der Carl Zeiss Microscopy GmbH entwickelt und Systeme für die Laser Mikrodissektion sowie Automatisierungstechniken bereitgestellt.

Moderne Bildverarbeitungs- und Analyseverfahren gewinnen heute zunehmend an Bedeutung. Während früher das "perfekte Bild" als Ergebnis wichtig war, verlangen unsere Kunden heute vor allem reproduzierbare Daten zu den aufgenommenen Präparaten. Immer komplexere Experimente erfordern zudem einen erhöhten Grad an Automatisierung. Digitale Kameras liefern sowohl multidimensionale Fluoreszenzaufnahmen lichtschwacher Proben als auch hochauflösende, farbbrillante zweidimensionale Aufnahmen. Erst sie liefern die Voraussetzung für eine moderne Dokumentation in der Mikroskopie. Zu den Produkten des Bereichs Imaging Software München zählen neben Imaging Softwarelösungen für die Bildverarbeitung auch Softwareschnittstellen zu den modernen motorisierten Mikroskopen von Carl Zeiss. Darüber hinaus entwickelt dieser Geschäftsbereich digitale Mikroskopkameras für Biomedizin und Materialanalyse.

Die Carl Zeiss Microscopy GmbH unterhält am Standort München ein modernes Applikationszentrum und die exklusiv ausgestatteten ZEISS Microscopy Labs. Hier haben unsere Kunden die Möglichkeit, am gesamten Workflow von der Probenpräparation über Mikrodissektion´molekulargenetische Analyse bis hin zur Digitalisierung von Objektträgern teilzuhaben.

• Gegründet im Jahr 1946 als „Optische Werke Oberkochen“ (später: Carl Zeiss) – Amerikanische Streitkräfte überführten 126 Führungskräfte und Wissenschaftler aus Jena in ihre Besatzungszone.
  
• Entwicklung, Produktion, Vermarktung und Vertrieb von Feldemissions-Rasterelektronenmikroskopen und Crossbeam-Workstations, Applikationsentwicklung und Kunden-Demozentrum.
  
• Zahl der Mitarbeiter: rund 350
  

• Die Carl Zeiss Microscopy Ltd ist aus dem Unternehmen Cambridge Scientific Instruments hervorgegangen, das 1885 von Horace Darwin gegründet und später von Leica übernommen wurde. Carl Zeiss bildete zunächst ein Joint Venture mit Leica, das den Namen LEO Electron Microscopes trug, ehe es im Jahr 2001 zur vollständigen Übernahme durch Carl Zeiss kam.
• Der Standort Cambridge umfasst Entwicklung, Produktion und Vertrieb von Rasterelektronenmikroskopen (einschließlich EVO, ∑IGMA und prozessnaher Tools wie ParticleSCAN und JetSCAN), Software und Anwendungen.
  
• Zahl der Mitarbeiter: rund 100.
  

• Start-up Unternehmen ALIS im Jahr 2006 übernommen.
• Entwicklung und Produktion von ZEISS – exklusive der Ionenstrahlmikroskope, wie ORION
  
• Zahl der Mitarbeiter: rund 130
  

• 1999 gegründet als Xradia.Inc.
• 2013 übernommen von ZEISS Microscopy um das Portfolio zu erweitern
• Entwicklung und Produktion von hochauflösenden Röntgenmikroskopen und Zubehör
  
• Demo-Facility für Applikationen aus Industrie und Wissenschaft
• Anzahl der Mitarbeiter: rund 100