Das Zentrum in Leuven verfügt über ein Spinning-Disc-Konfokalmikroskop und ein konfokales Structured Illumination Microscope (SIM), das die offen zugängliche Ausrüstung ergänzt. Das Spinning-Disc-Konfokalmikroskop ist ein leistungsstarkes Werkzeug für die schnelle räumliche und zeitliche Abbildung lebender Zellen. Es erlaubt
die Abbildung lebender Zellen in Millisekunden und damit die Darstellung komplexer biologischer Dynamiken. SIM ist eine Technik, die die Auflösung eines Fluoreszenz-Lichtmikroskops in x-, y- und z-Richtung um das Doppelte verbessern kann.

Außerdem ist dieses Gerät mit Hochdruckgefrierausrüstung ausgestattet, die eine schnelle Übertragung und ein Einfrieren von Proben gestattet. Dies ermöglicht einen Handshake zwischen der Lichtmikroskopie- (LM) und der bestehenden Elektronenmikroskopie- (EM) Plattform, die aus zwei Hochleistungs-TEMs, einem SEM und Präparationsvorrichtungen besteht. Diese neue Ausrüstung macht den Übergang vom LM zum EM einfach und ermöglicht eine komplette Darstellung der dynamischen subzellulären Ordnung mit einer Auflösung im Nanometerbereich.